BIZUTTO経費で支払仕訳を作成するには、 申請の最終承認後に「支払一覧」
（［BIZUTTO経費］＞［支払・FBデータ出力］＞［支払一覧］）の画面から対象の申請データを選択し仕訳を作成する
（BIZUTTO経費では「支払処理」と言います）仕様となっています。

よって、支払仕訳は必要なもののみ作成・出力することが可能です。
仕訳データ作成の詳細については以下マニュアルサイトより
「BIZUTTO経費_管理者向けサービス利用マニュアル.pdf」内の「7.1.仕訳データを作成する」に
記載がございますので合わせてご確認をお願いします。
https://portal-keihi.bizutto.com/contractor.html