各種設定＞ワークフロー設定＞ワークフロー　にてすべてのワークフローを「無効」に設定してください。
そうすることで一般ユーザは新規申請が行えなくなります。
※ただし承認途中の申請については「無効」になっていても承認を行いフローを進めることができます。