Microsoft Officeは複数ファイルを開く際、一つのインスタンス（プロセス）で動作します。
これにより、自動暗号化「しない」設定において、暗号ファイルと平文ファイルを
同時に編集し保存した場合、平文ファイルも暗号化されてしまいます。

これらは、ファイルごとにインスタンスを起動させることで防ぐことが可能です。
以下のようにPCのレジストリやActiveDirectoryのグループポリシーを編集して複数インスタンスを起動するようにしてください。

(注意)
本設定は、一般的なナレッジを基にご案内しております。
ご利用になる環境によりディレクトリなどは変化しますので、環境に応じ適宜変更が必要です。
レジストリ変更される際は予めバックアップを取得した上で、利用者様の責任でお試しください。
また、Officeソフト内から[新規]や[開く]操作を行った場合は、マルチプロセスでの起動にならないためご注意ください。

■Excel 2021 / 2024の場合
　赤字部分を追記してください。
　  ・レジストリ：HKEY_CLASSES_ROOT\Excel.Sheet.12\shell\Open\command
　  ・名前：(既定)
■ WORD 2021 / 2024の場合
　赤字部分を追記してください。
  　・レジストリ： HKEY_CLASSES_ROOT\Word.Document.12\shell\Open\command
 　 ・名前：(既定)