confディレクトリとその配下のすべてのファイルの所有者が
InterSafe WebFilterで設定されている所有者になっているか
どうかご確認ください。
InterSafe WebFilterの起動ユーザ/グループは、
/<導入ディレクトリ>/conf/proxy.inf
[SYSTEM_GLOBAL]
EFFECTIVE_USER=
EFFECTIVE_GROUP=
にて現在の設定が確認できます。
confを別のサーバから移動した際など、そのときOSを
操作しているユーザの権限でconfがコピーされて所有者が
変更されている可能性がありますのでご注意ください。